眾所周知次氯酸鈉發生器用于自來水消毒是目前水廠有效的消毒方式，但是很多人關于次氯酸鈉用于自來水消毒的原理并不是特別理解，次氯酸鈉消毒主要的作用方式是經過它的水解構成次氯酸，次氯酸再進一步合成構成重生態氧，重生態氧的極強氧化性使菌體和病毒上的蛋白質等物質變性，從而致死病源微生物。

    其次，次氯酸在殺菌、殺病毒過程中，不只可作用于細胞壁、病毒外殼，而且因次氯酸分子小，不帶電荷，還可浸透入菌（病毒）體內，與菌（病毒）體蛋白、核酸和酶等有機高分子發作氧化反響，從而殺死病原微生物。再次，次氯酸產生出的氯離子還能顯著改動細菌和病毒體的浸透壓，使細胞喪失活性而死亡。
    次氯酸鈉在殺滅空壓機循環水藻類中的應用，當次氯酸鈉投入循環水池中以后，它可穿透細菌的細胞壁，從而殺死細菌及藻類。殺滅的藻類死亡后從波型板及池壁零落，構成淤泥并沉入池底，從而改善了現有冷卻塔的熱交流效果。在加藥的連續期間，水中的殘留次氯酸鈉對細菌及藻類生成還有一定的抑止作用。
    從而還能減緩藻類的再次構成速度。冷卻循環水投加次氯酸鈉消毒，確實能夠有效地殺死滋生的細菌與藻類，對進步冷卻塔的換熱效果起到很大的作用。次氯酸鈉作為殺菌消毒還是比擬經濟的，具有普遍推行應用的前景。次氯酸鈉的濃度越高，殺菌作用越強。